O Museu PUC Minas reúne um acervo que documenta a fauna, a flora e outros aspectos da nossa história natural presente e passada.

A pesquisa no MCN é tanto fonte como produto do acervo acumulado ao longo de mais de 40 anos de trabalho. O acervo evoluiu graças às pesquisas institucionais relativas à nossa biodiversidade, projetos de levantamentos faunísticos e florísticos, estudos ambientais (EIA/RIMA), convênios (Fundação Zoo-Botânica, IBAMA e CEMIG), permuta com empresas e instituições, além de doações individuais. Sua organização tem viabilizado a produção de teses de doutorado, dissertações de mestrado, projetos diversos de iniciação e aperfeiçoamento científicos, além de trabalhos divulgados em publicações e encontros científicos.

Este rico acervo está organizado em 11 coleções científicas, além de uma reserva técnica e do acervo expositivo. A gestão do acervo de cada coleção é responsabilidade de um pesquisador da área que assume a função de curador.

A coleção de Paleontologia, com aproximadamente 69.200 peças, tem como destaque a fauna de mamíferos do Pleistoceno (1,8 milhões e 11 mil anos), com preguiças terrestres, tigre-dentes-de-sabre, toxodonte, mastodonte, dentre outros, representando a segunda maior coleção da América do Sul sobre o tema.

O acervo Neontológico (de espécies atuais), possui cerca de 174.520 exemplares e compreende as Coleções Científicas nas áreas de Ictiologia (peixes); Herpetologia (anfíbios e répteis); Ornitologia (aves); Mastozoologia (mamíferos); Invertebrados (especialmente insetos e moluscos) e Botânica (plantas).